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使用从灭绝和古代博物馆标本中提取的DNA揭示遗传秘密

时间：2022-03-28 09:25:02 来源：

该协议开始于对蛋白酶K和冷冻的然后破碎的组织的混合物进行涡流流体装置（VFD）处理。接下来处理反应混合物以除去固体和DNA聚合酶抑制剂。然后纯化回收的DNA并浓缩。最后，通过样品的（B）qPCR和（C）DNA测序扩增，定量和表征DNA。

使用涡流装置（VFD）提取的DNA蛋白可以帮助回答有关灭绝和古代博物馆标本的重要问题。

保存后的博物馆标本中的DNA可让科学家探索物种的历史以及人类对生态系统的影响，但样品通常保存在甲醛中，甲醛会破坏DNA并使其很难回收。

研究人员已经使用涡流装置（VFD）加快了从甲醛保存的美国龙虾中提取DNA的速度，其结果为探索全球博物馆中数百万甚至绝种物种的DNA提供了路线图。

弗林德斯博士候选人杰西卡·菲利普斯（Jessica Phillips）说，在VFD中处理博物馆标本中保存的组织会分解蛋白质，释放出可提供重要历史遗传信息的DNA。

杰西卡·菲利普斯（Jessica Phillips），弗林德斯大学（Vlinders University）的涡流流体装置（Vortex Fluidic Device）。

DNA提取是通过在VFD中的酶溶液中处理保存的组织来实现的。这种酶分解蛋白质，释放出可以分析的DNA。通过使用VFD，我们可以将这一过程从几天缩短到几个小时。 Phillips女士说。

“这些样品在甲醛中保存了150年，这会损坏DNA，也使DNA难以回收。我们在涡流装置（VFD）中使用了机械能，通过在VFD的酶溶液中处理保存的组织来加速提取。”

这项工作是加州大学欧文分校（UCI），哈佛大学生物与进化生物学系和弗林德斯大学之间的合作。

研究人员说，研究结果为探索全球博物馆中数百万种甚至灭绝物种的DNA提供了路线图。

清洁技术研究主席Colin Raston教授说，这项工作建立在他的研究小组发表的有关涡流装置的80篇论文的基础上。

VFD的应用正在迅速扩展，但这只能通过内部协作来实现。DNA提取的应用涉及与UCI的Greg Weiss教授和哈佛的Peter Girguis教授领导的另外两个研究实验室的合作。

Raston教授说：“我们只是摸索了该设备的功能。”

参考：Christian A. Totoiu，Jessica M. Phillips，Aspen T. Reese，Sudipta Majumdar，Peter R. Girguis，Colin L. Raston和Gregory A. Weiss撰写的“从福尔马林固定的博物馆标本中涡流介导的DNA拯救”。 2020年，PLOS ONE.DOI：
10.1371 / journal.pone.0225807

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