海怪的基因组–难以捉摸的巨型鱿鱼的完整遗传序列

这些是巨型鱿鱼吸盘环。

巨型鱿鱼是一个难以捉摸的巨人，但它的秘密即将揭晓。哥本哈根大学领导的一项新研究对这种生物的整个基因组进行了测序，从而提供了一个机会来阐明其在海洋深处的生命。

水手们对潜伏在深渊中的巨型海怪海妖（Kraken）的了解可能具有真相。

“我们最初的遗传分析产生的问题多于答案。”—汤姆·吉尔伯特教授

1857年，丹麦博物学家Japetus Steenstrup讲述了被拖到海底的船只的故事与巨型鱿鱼的存在：一种十臂无脊椎动物，据信可以长到13米，重900公斤以上。

160多年后的今天，一个国际科学家团队对巨型鱿鱼的基因组进行了测序和注释。

研究负责人，哥本哈根大学地球研究所宏观生态，进化和气候中心（CMEC）的副教授鲁特·达·丰塞卡（Rute da Fonseca）表示：“这些新结果可能会解开有关该被套种的几个尚待解决的进化问题。”

更多数据，更多问题

在过去的几年中，世界范围内只收集到相对很少的巨型乌贼-或称为Architeuthis dux-。

人类和巨型鱿鱼之间的大小比例。

哥本哈根大学的研究人员使用这些样品中的线粒体DNA序列，先前已经确认所有大鱿鱼都属于一个物种。

“然而，我们最初的遗传分析提出的问题多于答案，” GLOBE研究所的汤姆·吉尔伯特（Tom Gilbert）教授说，他是该巨型生物先前研究的一部分。

“这些新结果可能会解开有关该披覆物种的几个悬而未决的进化问题。”—鲁特·达·丰塞卡（Rute da Fonseca）副教授

为巨型鱿鱼生产高质量的基因组装配与将这些动物之一发现在其自然环境中一样具有挑战性。

但是，这是一项重要的工作，因为基因组是有机体可获得的最终工具包。

不合作的样本

实验室面临的挑战始于以下事实：可用的样品来源于分解的动物，通常在世界各地的博物馆中保存在福尔马林或乙醇中。

这意味着它们中的大多数不能用于获得良好的基因组组装所必需的高质量DNA。

“这个项目提醒我们，那里有很多物种需要不时优化的实验室和生物信息学程序。”—鲁特·达·丰塞卡（Rute da Fonseca）副教授

此外，组织中氨和多糖水平的升高很可能是在为几乎所有可用测序技术生产合适的文库时反复失败的背后。

‘这个项目提醒我们，那里有很多物种需要不时优化的实验室和生物信息学程序。在大型基因组测序联盟中设计单流水线方法时，有时被低估了这一努力。

认识巨人的第一步

尽管面临许多挑战，该研究小组还是设法从新西兰附近的一艘渔船上收集到了新鲜冷冻的巨型鱿鱼组织样本。研究负责人说，这真是令人难以置信的运气。

剩下：巨型鱿鱼标本保存在伦敦自然历史博物馆的达尔文中心坦克室。对：固定之前先对同一个体进行测量。

使用该样本，研究人员能够生产出目前可用的最佳头足类基因组。

研究背后的研究人员解释说，这份“基因组草案”为解决头足类基因组进化的许多新问题提供了独特的可能性。

现在，科学家们希望通过将巨型鱿鱼与更著名的头足类动物的基因组进行比较，从而希望发现更多有关神秘巨型生物的信息，而不必捕获或观察它们所居住的高达1200米的深度。

例如，新的基因组数据可能使科学家能够探索巨型鱿鱼的大小，生长速度和年龄的遗传基础。

阅读显示：有关这项研究的更多信息，请参见神秘，传奇的巨型鱿鱼的基因组。

参考：Rute R da Fonseca，Alvarina Couto，Andre M Machado，Brona Brejova，Carolin B Albertin，Filipe Silva，Paul Gardner，Tobias Baril，Alex Hayward，Alexandre Campos，安格拉M Ribeiro，Inigo Barrio-Hernandez，Henk-Jan Hoving，Ricardo Tafur-Jimenez，Chong Chu，BarbaraFrazão，Bent Petersen，FernandoPeñaloza，Francesco Musacchia，Graham C Alexander，Jr，HugoOsório，Inger Winkelmann，Oleg Simakov，Simon Ras ，M Ziaur Ra​​hman，Davide Pisani，Jakob Vinther，Erich Jarvis，张国杰，Jan M Strugnell，L Filipe C Castro，Olivier Fedrigo，Mateus Patricio，李奇野，Sara Rocha，Agostinho Antunes，Wufeng Feng，Bin Ma， Tomas Vinar，Blagoy Blagoev，Thomas Sicheritz-Ponten，Rasmus Nielsen和M Thomas P Gilbert，2020年1月16日，GigaScience.DOI：
10.1093 / gigascience / giz152

除了丹麦的哥本哈根大学以外，合作的科学家还来自世界各地的几所大学。

Villum Fonden，Marie Curie Actions和葡萄牙科学基金会（FCT）支持了该研究项目。